论文查重免费软件通常提供多种自定义设置选项，例如设置查重范围（全文、段落）、排除引用部分、选择查重算法（全文比对、关键词比对）、调整查重敏感度等。用户可以根据需求灵活调整这些选项，以获得更精确的查重结果。通过合理设置自定义选项，可以提高查重效率，减少误差。

此外，一些论文查重软件还支持用户自定义查重规则、添加排除词库、设定查重阈值等功能。用户可以根据具体需求，自定义软件的查重设置，以满足不同的查重需求。这些自定义设置选项的灵活运用，能够帮助用户更好地利用论文查重软件，提高查重准确性和效率。